在涉及土地权属的侵权纠纷中“先有确权，才谈侵权”是基本法理。在我国物权法的例外意思主义之下，必须首先弄清楚土地承包经营权的确权权力在谁之手，才能解决以下两大问题：一是土地权属由行政权进行确权，还是由法院的司法权进行确权，若由行政权进行，司法救济程序如何进行？按民事诉讼还是行政诉讼救济？二是由司法权进行确权又要判断是按民事诉讼程序还是按行政诉讼程序进行？

《物权法》第127条第一款“土地承包经营权自土地承包经营权合同生效时设立”的规定所要解决的是土地承包经营权的设立问题，第二款“县级以上地方人民政府应当向土地承包经营权人发放土地承包经营权证、林权证、草原使用权证，并登记造册，确认土地承包经营权”的规定所要解决的问题是土地承包经营权的确认问题。土地承包经营权凭当事人的意思表示一致，不违反法律规定即告设立，这没有任何问题，物权的设立只受债权合同是否生效的影响，不受是否进行物权登记的影响。但不能就此得出土地承包经营权无须进行行政登记的荒谬结论。但该款也同样是明确土地承包经营权的设立必须满足以下二条件：一是必须进行行政登记，二是对土地承包经营权进行确权的权力为县级以上地方人民政府。登记是不以当事人的选择与否为前提，而是必须进行的“应为模式”。本款规定已经明确：赋予县级以上地方人民政府对土地承包经营权的确认权，所作出的土地承包经营权证根本不能认定为设权证书，设权依据是合同，它是行政确权证书。只不过是土地承包经营权的设立时间必然是当事人之间合同生效之日，而不是登记之日而已。笔者认为，土地承包经营权与《物权法》第129条规定的“土地承包经营权人将土地承包经营权互换、转让，当事人要求登记的，应当向县级以上地方人民政府申请土地承包经营权变更登记；未经登记，不得对抗善意第三人”完全不同，因为流转权是在土地承包经营权基础之上派生，流转权选择登记时，行政登记并非对土地承包经营权流转的确认，仅仅起到阻却土地承包经营权的善意取得，从而对抗善意第三人而已，即起到登记对抗的效力；当事人不选择登记时，行政机关也不能享有土地流转权的确认权力，因为没有登记只是不具有对抗善意第三人的效力。故土地承包经营权流转的确认权无非走仲裁或民事诉讼予以实现。北京拆迁律师  拆迁律师

土地承包经营权确认权既然在行政权手中，故最高人民法院《关于审理涉及土地承包纠纷案件适用法律问题的解释》第1条关于集体经济组织成员未实际取得土地承包经营权提起的诉讼在未经行政机关处理前不应受理的规定，与《物权法》第33条的一般性条款并不矛盾，笔者认为其仍然有效。理由：《物权法》第33条“因物权的归属、内容发生争议的，利害关系人可以请求确认权利”的规定未明示必须向谁请求确权，并不能当然得出向法院请求确权的结论。据上述分析，笔者认为此条要区分不同情况：一是不动产物权除土地承包经营权的流转权、地役权外，确认权均在行政机关；动产等物权法院均有确认权。

北京拆迁律师  拆迁律师